Am 13. April 2011 hat die Vollversammlung des Stadtrats den Vorwegmaßnahmen zum Bau der planfestgestellten 2. Stammstrecke auf den städtischen Grundstücken am Marienhof zugestimmt. Im Zusammenhang mit dieser Beschlussfassung wurde auch der zu diesem Zweck Gestattungsvertrag erläutert und diskutiert.
Das Referat für Stadtplanung und Bauordnung und das Baureferat haben dem Stadtrat vor Beschlussfassung alle wesentlichen Daten und Fakten der Gestattung dargelegt. Die Vollversammlung hat somit in Kenntnis des geplanten Vorgehens der Verpflanzung der Bäume und den derzeit laufenden archäologischen Untersuchungen zugestimmt.
Das Referat für Stadtplanung und Bauordnung und das Baureferat betonen, dass die Stadt sich mit dem Gestattungsvertrag keinesfalls, wie vereinzelt in der Presse zu lesen, der Deutschen Bahn AG „ausgeliefert" hat, sondern mit diesem Vertrag einvernehmlich klare Bedingungen für den Ablauf der Vorwegmaßnahmen geschaffen wurden. Sowohl die städtischen referate als auch die Deutsche Bahn AG arbeiten in bestem Einvernehmen zusammen, um den fachgerechten Umgang mit den archäologischen Untersuchungen auch weiterhin zu gewährleisten. Das für die archäologischen Untersuchungen zuständige Landesamt für Denkmalpflege erläutert mit Schreiben vom 18. Oktober 2011, daß die durchgeführten Arbeiten in vollem Umfang den fachlichen Vorgaben zur Dokumentation archäologischer Ausgrabungen in Bayern entsprechen.
Verglichen mit anderen Grabungen in der historischen Altstadt von München sei hier besonders die reibungslose Verknüpfung der Teilgewerke Archäologie und Bauforschung hervorzuheben.
Bei den Grabungen fanden sich in den bereits geöffneten Teilflächen annähernd doppelt so viele Sonderbefunde wie ursprünglich vermutet. Dies erfordert besonders aufwändige Grabungs- und Dokumentationsmethoden. Die Funde reichen bis in die Zeit der Stadtgründung zurück. Aus fachlicher Sicht ist eine Fortsetzung der archäologischen Grabungen laut dem Landesamt für Denkmalpflege uneingeschränkt sicher zu stellen.
Diese sich vor allem in tieferen Schichten befindliche Funde können nur unter bestimmten äußeren Bedingungen freigelegt und dokumentiert werden. Witterungsbedingt ist deshalb zur Zeit keine Ausgrabung möglich, werden jedoch nach Ende der Frostperiode wieder aufgenommen,um dann zu einem Zeitpunkt, der aus denkmalfachlicher Sicht begründet ist, abgeschlossen zu werden.
Eine weitere Stadtratsbefassung ist nach Klärung der Finanzierungsfrage der 2. Stammstrecke geplant.